Certains des plus petits habitants de l'intestin d'un bébé pourraient jouer un rôle bien plus important qu'on ne l'imaginait.
Deux études connexes publiées dans la revue Nature Communications suggèrent que les champignons, longtemps négligés au profit des bactéries dans la recherche sur le microbiome, pourraient influencer le développement du système immunitaire de l'enfant durant les premiers mois de sa vie. Plus précisément, l'étude met en évidence un groupe de champignons. Malassezia comme participant possible aux troubles de la régulation immunitaire associés à l'eczéma, aux allergies alimentaires et à l'asthme allergique.
C’est important car les allergies infantiles sont déjà fréquentes et continuent d’augmenter.
« Des centaines de millions d'enfants dans le monde souffrent de maladies allergiques, et ce nombre ne cesse d'augmenter », a déclaré le Dr Stuart Turvey, auteur principal de l'une des études, chercheur à l'Institut de recherche de l'Hôpital pour enfants de la Colombie-Britannique et professeur de pédiatrie à l'Université de la Colombie-Britannique. « Une meilleure compréhension des causes de ces maladies et des moyens de les prévenir serait extrêmement bénéfique pour les enfants du monde entier. ».
Pendant de nombreuses années, la science du microbiome s'est principalement concentrée sur les bactéries. Ces deux études mettent en lumière le mycobiome, la composante fongique de l'écosystème intestinal. De plus, elles suggèrent que ce dernier pourrait jouer un rôle particulièrement important durant la petite enfance, période où le système immunitaire est encore en développement.
L'infection fongique apparaît à un stade précoce.
Turvey et ses collègues ont utilisé les données de l'étude de cohorte CHILD pour examiner l'évolution des populations fongiques au cours de la première année de vie. Leur équipe a analysé 2 256 échantillons provenant de 1 409 participants. Ils ont constaté que les espèces fongiques suivent des trajectoires de développement distinctes.
Parmi les principales tendances, on a constaté, au cours de la première année, une augmentation constante du nombre de champignons de la famille Saccharomycetaceae . En revanche, le nombre de champignons du genre Malassezia se déplaçait dans la direction opposée.
Ce schéma était important. Les chercheurs ont constaté que différentes fréquences de certains groupes fongiques étaient associées à des maladies d'immunodéficience ultérieures. Par exemple, les nourrissons présentant une fréquence plus élevée présence de champignons du genre Malassezia Le risque de développer une dermatite atopique était plus élevé.
Ces résultats ne prouvent pas que le champignon soit à lui seul responsable de la maladie chez l'enfant. Ils suggèrent toutefois que les profils fongiques chez le nourrisson pourraient servir de marqueurs précoces de la maturation de l'écosystème intestinal. De plus, ils soulèvent la question de savoir si ce processus s'écarte de son cours normal.
Des études récentes ont déjà établi un lien entre la colonisation persistante et la colonisation champignons du genre Malassezia avec une maturation fongique retardée et un risque accru de dermatite atopique. Une nouvelle analyse confirme ce constat, replaçant les champignons au cœur du développement précoce du système immunitaire.
Antibiotiques, prolifération fongique et mécanisme possible
Une seconde étude, menée par la Dre Marie-Claire Arrieta de l'Institut Snyder des maladies chroniques et de l'Institut de recherche de l'Hôpital pour enfants de l'Alberta, à l'Université de Calgary, a abordé cette question sous un angle différent. Au lieu d'examiner le lien entre les maladies, l'équipe a étudié les effets d'un traitement antibiotique sur le système digestif des nourrissons.
L’étude ANTIBIO a porté sur 47 nourrissons de moins de six mois ayant reçu une antibiothérapie d’urgence. Vingt-deux nourrissons ont été traités pendant deux à trois jours, et 25 pendant quatre à quatorze jours.
Au cours de l'étude, les antibiotiques ont réduit la quantité d'ADN bactérien dans les selles et augmenté celle d'ADN fongique. Ils ont également influencé la diversité bactérienne et fongique de manière opposée. Après le traitement, la diversité bactérienne a diminué, tandis que la diversité fongique a augmenté, notamment dans le groupe traité à court terme.
Le signal fongique le plus prononcé était associé à genre Malassezia . Suite à l'utilisation d'antibiotiques, l'abondance relative de ce genre a augmenté dans les deux groupes, traités à court et à long terme. Les espèces ayant présenté les changements les plus significatifs étaient les suivantes : M. restricta , M. globosa и M. sympodialis .
Plus les bébés recevaient d'antibiotiques, plus le risque de propagation était élevé. Malassezia . La seule variable étudiée qui était significativement associée à cette augmentation était le nombre total d'antibiotiques prescrits.
Les chercheurs ont également constaté que les antibiotiques perturbent le réseau normal d'interactions bactériennes et fongiques dans l'intestin du nourrisson. Des bactéries clés, telles que bifidobactéries и bactéroïdes, ont perdu leur rôle central, tandis que des microbes plus opportunistes ont occupé des positions importantes.
De telles reconfigurations environnementales pourraient contribuer à expliquer pourquoi l'exposition aux antibiotiques durant la petite enfance est depuis longtemps associée au risque de développer de l'asthme plus tard dans la vie.
Qu'est-ce que l'utilisation d'une souris apporte de plus ?
Pour vérifier si le champignon est Malassezia Pour aller au-delà d'un simple rôle de micro-organisme compagnon, l'équipe d'Arrieta s'est intéressée aux souris gnotobiotiques. Ces souris sont élevées en présence de micro-organismes soigneusement sélectionnés.
Ils se sont concentrés sur M. restricta , Ce champignon, parmi ceux qui proliféraient le plus rapidement chez les nourrissons traités par antibiotiques, a modifié, même à faible concentration, la flore intestinale des souris et affecté leurs paramètres métaboliques. On a notamment observé une diminution des taux d'oléate, de cortisol et de corticostérone.
Cela a également affecté le développement du système immunitaire.
Chez les souris exposées précocement M. restricta, On a observé une augmentation du nombre d'éosinophiles, de macrophages, de neutrophiles et de lymphocytes T auxiliaires associés à la réponse immunitaire de type 2, ainsi que de lymphocytes Th17, dans les intestins et les ganglions lymphatiques voisins. Le taux de certains anticorps dans le sang a également diminué.
Lorsque les animaux ont ensuite été exposés à un allergène d'acarien, ces expositions précoces au champignon se sont révélées significatives. Chez les souris colonisées par ce champignon, M. restricta, Les souris porteuses de la bactérie seule ont développé une inflammation allergique des voies respiratoires plus sévère que les souris porteuses de la bactérie seule. Chez les souris BALB/c, le champignon a également exacerbé l'inflammation allergique tardive suivant une infection néonatale par le virus respiratoire syncytial (VRS).
« Ces résultats révèlent un mécanisme jusqu'alors inconnu reliant l'exposition aux antibiotiques durant la petite enfance au risque de maladies allergiques et démontrent comment le développement du système immunitaire est influencé par les champignons du microbiote intestinal pendant une période critique », a déclaré Arrieta. « Les antibiotiques sont un traitement nécessaire chez les jeunes enfants, mais cette étude montre qu'il existe un impact, jusqu'ici négligé, sur le mycobiote intestinal, permettant à des espèces comme… » Malassezia , » prospérer et affecter directement la fonction immunitaire. ».
Un regard plus approfondi sur l'intestin du bébé
Ces études se complètent utilement. L'une révèle des schémas de distribution fongique associés au développement ultérieur de maladies au sein d'une vaste cohorte humaine. L'autre suggère un mécanisme possible, démontrant comment les antibiotiques peuvent altérer le mycobiome des nourrissons. Ces travaux montrent comment une augmentation du nombre d'espèces fongiques peut contribuer à des modifications du système immunitaire chez les animaux.
Ensemble, ces résultats démontrent que l'intestin du nourrisson n'est pas simplement un système bactérien agrémenté de quelques champignons. Il s'agit en réalité d'un environnement microbien plus complexe, et les champignons pourraient jouer un rôle essentiel dans le développement du système immunitaire dès le plus jeune âge.
Les auteurs soulignent également les limites des connaissances actuelles. L'étude sur l'utilisation des antibiotiques chez les nourrissons ne comportait pas de groupe témoin non traité et apparié en âge. Elle n'était pas conçue pour identifier les effets de classes spécifiques d'antibiotiques. Enfin, les modèles murins, même soigneusement conçus, ne peuvent reproduire pleinement la complexité du microbiome humain.
Les chercheurs ne peuvent pas encore affirmer si les réponses immunitaires qu'ils ont observées sont spécifiquement dirigées vers M. restricta , sur d'autres microbes modifiés par sa présence, ou sur les deux types de micro-organismes.
Que nous réserve l'avenir de la recherche sur les allergies ?
Il est toutefois difficile d'ignorer la concordance entre les deux études. Toutes deux convergent vers Malassezia Il s'agit d'un signe récurrent d'un écosystème fongique immature ou perturbé aux premiers stades de son développement. De plus, ce schéma est associé à des problèmes du système immunitaire pouvant se manifester au niveau de la peau, des intestins ou des poumons.
Cela ouvre de nouvelles perspectives pour la recherche sur les allergies infantiles. Si certaines espèces de champignons permettent d'identifier les risques précocement, elles pourraient servir de signaux d'alerte. Si certaines espèces contribuent à un dérèglement du système immunitaire, elles pourraient également devenir des cibles thérapeutiques.
L'objectif n'est pas d'éviter les antibiotiques lorsqu'un enfant en a réellement besoin. Les auteurs soulignent que ces médicaments restent indispensables. Leur message est plus précis, mais tout aussi important : les antibiotiques pourraient avoir des répercussions environnementales plus vastes que ce que les médecins imaginaient auparavant. Certaines de ces répercussions concernent les champignons, et pas seulement les bactéries.
Implications pratiques de l'étude
Ces études suggèrent que les infections fongiques intestinales chez le nourrisson pourraient à terme être intégrées à l'évaluation du risque d'allergie par les médecins, notamment après une antibiothérapie précoce. Elles désignent également le mycobiome comme une cible thérapeutique potentielle.
Des études complémentaires devront confirmer si des changements dans la composition de la microflore fongique, tels qu'une augmentation du nombre de Malassezia, chez les nourrissons.
Les chercheurs doivent également confirmer si ces changements contribuent directement au développement de maladies chez les enfants.
Ils se demanderont également si des traitements visant à rétablir une flore intestinale plus saine dès la petite enfance pourraient réduire le risque de développer de l'eczéma, des allergies alimentaires ou de l'asthme.
Les résultats de l'étude ont été publiés dans la revue en ligne Nature Communications.
L'article original, intitulé « De minuscules champignons intestinaux pourraient être la clé du traitement de l'asthme dans le monde entier », a été publié par The Brighter Side of News.
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